Kegiatan Riset

Seleksi Genotip Ubi Kayu Indonesia dengan Komposisi Pati Tertentu Berdasarkan Marka Genetik

Pelaksana : E. Sudarmonowati, N.S. Hartati, D. Priadi, L. Sukmarini, S. Sugiharti, H. Fitriani, Hartati, N. Rahman, S. Jitno Rijadi

Abstrak

 Agar dapat melakukan seleksi ubi kayu yang memiliki amilosa atau amilopektin tinggi, analisis menggunakan penanda RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) dilakukan menggunakan primer RAPD lebih banyak pada genotip-genotip lain. Primer yang digunakan sebanyak 6 (OPE-5, OPE-15, OPF-4, OPF-13, OPH-17), tiga diantaranya telah berhasil menghasilkan fragmen DNA pada sejumlah genotip tertentu dan tiga lainnya merupakan hasil skrining yang dapat mengamplifikasi DNA ubi kayu koleksi.    Tambahan jumlah genotip yang dapat dikarakterisasi adalah 34 (menjadi total 97) menggunakan  0PE-15,  9 genotip yang diamplifikasi dengan primer OPF-4, dan  7 genotip yang dapat diamplifikasi  dengan primer OPF-13. Hasil yang diperoleh saat ini adalah kandidat penanda yang berkaitan dengan amilopektin tinggi yaitu OPE-15-B dan OPE-15I, sedangkan yang berkaitan dengan amilosa tinggi adalah OPE-15K dan OPE-15O. Dendogram yang dikonstruksi berdasarkan primer OPE-15 menunjukkan adanya pengelompokan menjadi dua kluster  utama yaitu satu kluster berupa Malang 1 yang memisah dari kluster yang satu berupa kumpulan 96 genotip.  Baik dendogram yang dikonstruksi berdasarkan OPE-15 atau gabungan dari OPE-15, OPF-4 dan OPF-13, secara umum tidak menunjukkan pengelompokan yang jelas antara genotip yang berkadar amilosa rendah dan yang berkadar amilosa tinggi, namun demikian beberapa genotip yang berkarakter sama terdapat dalam satu kluster yang sama. Hal ini juga dikonfirmasi dengan analisis AFLP yang telah dilakukan. Berdasarkan hasil analisis amilosa terhadap umbi tanaman hasil kultur jaringan, kadar amilosa tertinggi diperoleh dari Iding (32.50%) yang sekaligus mengkonfirmasi hasil dari tanaman asal stek.  Respon genotip yang berkarakter unggul tersebut terhadap embriogenesis somatik bervariasi tergantung komposisi media dan lamanya inkubasi di Tahap I dan II serta  ukuran dan fase daun muda.  Iding merupakan genotip yang paling responsif karena pada semua ukuran daun pada media Greshof and Doy dapat menghasilkan kalus embriogenik.  Teknik perbanyakan tanaman hasil kultur jaringan menggunakan stek mata tunas 1-3 dapat mengatasi kekurangan bahan tanaman.  Morfologi dan hasil umbi genotip berkarakter unggul hasil kultur jaringan bervariasi namun variasi itu cenderung menurun pada generasi berikut setelah diperbanyak dengan stek.         

 

Kata kunci : ubi kayu (Manihot esculenta), amilosa, amilopektin, DNA, RAPD, AFLP, Embriogenesis somatik.

Optimasi Proses Produksi Lovastatin Melalui Peningkatan Kualitas Strain Monascus

Pelaksana :    D. Tisnadjaja, A. M. Fuad, A. Hertati, D. R. Permana, Yuliawati, Riny, N. Ekawati, H. Irawan, A. Asriyani, Aminah & A. Setiabudi.

 

Abstrak

Dalam kegiatan penelitian ini selain dilakukan optimasi  proses fermentasi juga akan dilakukan pembakuan proses ekstraksi dan formulasi sediaan farmasi dalam bentuk minuman kesehatan. Melalui proses ekstraksi diharapkan mampu memisahkan kelebihan sisa media yang berupa beras dari bagian lainnya. Hal ini sekaligus akan memperbaiki sifat kelarutan dari bahan, sehingga akan lebih memudahkan untuk menjadikannya sebagai bahan baku minuman kesehatan. Dari studi perbandingan antara galur mutan S 35 dngan galur induknya TISTR 3090 terlihat bahwa bila proses fermentasi dihentikan setelah 10 hari galur mutan S 35 lebih superior dibandingkan galur induknya. Sementara penambahan sumber N dalam bentuk MSG dengan konsentrasi 0,1 sampai 0,15 % memberikan peningkatan konsentrasi lovastatin yang terbentuk dengan galur S 35 tapi tidak memberikan pengaruh yang nyata bila fermentasi dilakukan dengan galur TISTR 3090.

 

Dalam pengkajian proses ekstraksi dengan cara perkolasi dan dengan menggunakan pelarut etanol 75 % diketahui bahwa rasio bahan terhadap pelarut yang optimum diperoleh pada rasio 1 : 15. Sementara proses ekstraksi dengan cara refluks menunjukkan bahwa rasio bahan terhadap pelarut 1 : 4 memberikan hasil terbaik, baik ketika dilakukan dengan pelarut etanol maupun kloroform.

 

Kata kunci : Ekstraksi, perkolasi, refluks, lovastatin, galur mutan.

Konstruksi Rekombinan Cyanobacteria Pembawa Gen Cry Penyandi Protein Δ-Endotoksin Untuk Pengend

Pelaksana : E. Jusuf, N. W. S. Agustini, Kusmiati, D. J. Gunandini

Abstrak

Demam berdarah dengue (DBD) merupakan penyakit endemik dan menjadi suatu masalah utama serta paling ditakuti masyarakat di Indonesia. Penyakit ini pertama kali ditemukan tahun 1968 di Surabaya (Kho et al. 1989) dan sejak itu sampai sekarang laporan angka kejadian terus meningkat dan cakupan daerah yang terkena dengan cepat meluas ke seluruh Indonesia. Penggunaan pestisida berupa bahan kimia beracun berdampak sangat buruk, baik terhadap serangga-serangga lain yang bermanfaat seperti serangga polinator, lebah madu dll., juga berakibat fatal dalam jangka waktu panjang terhadap kesehatan manusia dan lingkungan. Untuk itu telah lama diusulkan untuk menggunakan pestisida hayati dalam menanggulangi nyamuk penular penyakit ini, diantaranya dengan mikroorganisme berupa bakteri yang secara spesifik membunuh larva nyamuk.

Adapun yang menjadi tujuan utama dalam kegiatan tahun 2005 ini adalah untuk mendapatkan galur-galur Bacillus thuringiensis baru yang memiliki potensi penghasil protein δ-endotoksin spesifik anti nyamuk dan mendapatkan jenis-jenis Cyanobacteria yang dapat menjadi pakan larva nyamuk Aides aegypti, bahan hayati pembuatan rekombinan dimaksud.

Dari seluruh pekerjaan yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa dari sejumlah 52 sampel tanah setelah pemeriksaan koloni dibawah mikroskop didapatkan total 64 isolat yang menunjukkan adanya protein kristal. Dari sejumlah 17 lokasi perairan yang diambil sampel air yang diduga didapatkan Cyanobacteria dan ditumbuhkan pada 5 macam medium mineral diidentitifikasi sebanyak 15 jenis mikroalga yang terdiri dari 9 jenis yang dapat digolongkan sebagai Cyanobacteria (alga biru) dan 6 jenis yang digolongkan sebagai Chlorophyta (ganggang hijau). Hasil isolasi mikroalga menggunakan tehnik pencawanan pada agar mineral, berhasil dimurnikan sebanyak 4 jenis yaitu : Anabaena augstumatis asal dari danau kecil di asrama Yon Bek-Ang AD, Chlorella vulgaris dari kolam kebun pembibitan Puslit Bioteknologi-LIPI, Oscillatoria rubescens dari kolam di depan Puslit Limnologi-LIPI; semua berlokasi di Cibinong, Kabupaten Bogor, dan Synechocystis sp. yang didapatkan dari kolam di Kebun Raya Bogor. Hasil isolasi protein δ-endotoksin dan identifikasi menggunakan tehnik SDS-PAGE dari 64 isolat yang semula diduga bakteri B. thuringiensis, hanya 32 isolat yang menunjukan pita protein δ-endotoksin, sedang dari 42 galur yang dikenal berasal dari koleksi sebanyak 23 galur yang menunjukan pita protein δ-endotoksin. Dari 4 isolat Cyanobacteria yang berhasil dimurnikan telah diperoleh tumbuh pada semua medium pertumbuhan yang diujikan, namun menunjukkan profil kurva pertumbuhan pada setiap jenis medium yang bervariasi bagi setiap jenis mikroalga. Hasil analisis kualitatif dengan pewarnaan perak nitrat berhasil diidentifikasi profil protein 4 jenis Cyanobacteria dan hasil analisis kuantitatif protein dalam biomasa dari masing-masing adalah: Anabaena austumatis yang tumbuh pada fase exponensial sebesar 28.726 μg/ml sedang fase stationer 27.54 μg/ml; Chlorella vulgaris yang tumbuh pada fase exponensial sebesar 18.763 μg/ml sedang fase stasioner 32.37 μg/ml; Oscillatoria rubescens yang tumbuh pada fase exponensial 124. 276 μg/ml dan fase stasioner 164.638 μg/ml; dan Synechocystis sp. fase exponensial 103.740 μg/ml, fase stasioner 34.155 μg/ml. Dalam penetuan tipe gen cry dari setiap isolat dengan ke 11 macam nucleotide primer dan menggunakan piranti Thermo Cycler FTS 960 Thermal Sequencer (Corbett Research-Australia) tidak menunjukan hasil yang baik. Beberapa kali penggunaan alat ini dengan menggunakan kontrol positif namun tidak membuahkah hasil. Ada kemungkinan alat ini sudah berusia tua (digunakan sejak tahun 1993) sehingga bekerjanya kurang optimal. Penentuan profil total genom baru selesai dilakukan terhadap galur-galur koleksi yang telah diketahui nama galurnya. Feeding assay untuk menguji 4 jenis Cyanobacteria hasil pemurnian dapat menjadi pakan larva nyamuk Aedes aegypti setelah berhasil mendapatkan Chroococcus turgidus dapat dimakan oleh larva ini sampai terbentuk nyamuk dewasa dalam waktu 16 hari, Oscillatoria rubescens dapat dimakan oleh larva ini sampai terbentuk nyamuk dewasa dalam waktu 21 hari, sementara kontrol dengan pemberian hati ayam larva menjadi dewasa hanya dalam 8 hari.

Sebagaimana disampaikan pada hasil di atas bahwa piranti Thermo Cycler FTS 960 Ther- mal Sequencer (Corbett Research) asal Australia untuk keperluan Polymerase Chain Reaction dalam identifikasi gen tidak berfungsi dengan baik. Untuk itu perlu penggantian alat tersebut karena umurnya sudah cukup tua untuk alat elektronik sejenis itu untuk diganti dengan pirati Thermo Cycler yang baru. Perlu diadakan peralatan baru untuk mendapatkan deoksigenzed water karena alat filtrasi yang ada dari Nanopure tidak mendukung kualitas air untuk keperluan pembuatan media maupun pembuatan berbagai buffer untuk keperluan penelitian biologi molekuler

Kata kunci : Cyanobacteria, Gen Toksin, Aides aegyptie

Konstruksi Vektor Plasmid dan PRoduksi Fragmen Antibodi Fab yang Spesifik terhadap Virus Dengue DEN-

Pelaksana : W. Kusharyoto, F. Arsyad, N. Yuliati, Sanusi dan Yudiyadi

Abstrak

Dengan berdasarkan pada metode-metode genetika telah terbuka kemungkinan untuk memproduksi antibodi rekombinan (rAb) dalam sel-sel bakteri Eschericia coli. Dalam kegiatan penelitian ini diupayakan pembentukan fragmen antibodi Fab (antigen binding fragment) yang spesifik terhadap virus dengue DEN-2. Virus dengue DEN-2 dan tiga serotipe lainnya DEN-1, DEN-3 dan DEN-4 adalah virus yang merupakan penyebab dari demam dengue (dengue fever, DF) dan demam berdarah (dengue hemorrhagic fever, DHF) yang disertai dengan DSS (dengue shock syndrome) yang ditularkan melalui gigitan nyamuk Aedes aegypti. Pertama-tama dikonstruksi terlebih dahulu vektor plasmid untuk produksi fragmen antibodi Fab. Konstruksi vektor plasmid diawali dengan isolasi cDNA dari domain rantai berat VH dan rantai ringan VL, dan dilanjutkan dengan kloning ke dalam vektor plasmid pASK85. Setelah transformasi vektor plasmid ke dalam sel E. coli, produksi fragmen antibodi dilakukan pada suhu 27°C. Dengan memanfaatkan His6-tag yang terdapat pada fragmen antibodi Fab, purifikasi dilakukan dengan affinitas kromatografi pada ion metal yang terimmobilisasi (IMAC).

Kata kunci: Escherichia coli, fragmen antibodi Fab, IMAC, pASK85, virus dengue DEN-2

Kajian Fisiologis dan Bioassay Mikroba Berpotensi Penghasil Lovastatin dan Lactobacillus Penurun Kol

Pelaksana :    N. Nurhidayat, R. N.R. Napitupulu, E. Kasim, N. Suharna, T. 

                     Yulineri, R. Hardiningsih dan E. Triana

Abstrak

             Probiotik Lactobacillus plantarum Mar8 dan Monascus purpureus JmbA produser lovastatin telah teruji in vivo berpotensi dalam penanggulangan hyperkolesterolemia.  Penelitian tahun ini difokuskan pada pembuatan sediaan enkapsulasi L. plantarum Mar8 dengan teknik spray drying dan sedian ko-kultur M. purpureus JmbA dengan khamir Saccharomyces. Pengamatan dengan scanning electron miscroscopy (SEM) menunjukan bahwa media 10% susu skim relatif lebih baik digunakan sebagai bahan penyalut enkapsulasi probiotik L. plantarum Mar8 karena membentuk struktur yang lebih kompak sehingga dapat mendukung viabilitas sel-sel probiotik. Enkapsulasi probiotik ini relatif tidak berpengaruh terhadap  viabilitas dan karakter fisiologis penting dalam reduksi kolestrol. Probiotik terenkapsulasi ini dapat lebih praktis dan tahan lama dimanfaatkan sebagai inokulum terutama pada produk susu dan turunannya, juice, makanan lain dan pakan. Fermentasi ko-kultur dengan khamir pada hari ke-8 dan 12 dapat meningkatkan produksi lovastatin.  Khamir dan alkohol yang dihasilkannya pada konsentrasi rendah diduga dapat menginduksi produksi lovastatin.  Sebaiknya dapat dilakukan uji klinis terhadap sediaan yang diteliti ini.

 

Kata kunci:  Probiotik, Lovastatin, Enkapsulasi, Lactobacillus, Monascus, Saccharomyces, Hyperkolesterolemia, SEM

 

Lock full review www.8betting.co.uk 888 Bookmaker

Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI